El servicio al cliente, la mejora continua, la correcta identificación de los procesos y el cumplimiento de los requisitos legales han sido los elementos principales realidad un proyecto que se inició en el año 1997 y que culminó con la certificación por parte de AENOR en el año 1998 con la obtención del certificado ER-1023/1998 según la norma vigente UNE-EN-ISO 9001:2000.

Cada año todas las actividades certificadas ha sido auditadas por parte de AENOR, siendo corregidas todas las incidencias detectadas con la participación de todo el personal de la empresa.

Las actividades certificadas son:

- Abastecimiento de agua para el consumo público (recolección, tratamiento, aprovechamiento, potabilización, desalinización, distribución, suministro), contratación, facturación y atención al abonado;
- Alcantarillado, incluida la recolección, canalización, conducción, tratamiento, depuración, reutilización, eliminación, vertido de aguas residuales, contratación, facturación y atención al abonado;
- Recogida de residuos sólidos urbanos orgánicos e inorgánicos en todas las fases del proceso y recogida domiciliaria de trastos, incluyendo la contratación, facturación y atención al abonado;
- Limpieza viaria de los bienes e instalaciones municipales, incluyendo la atención al ciudadano.

Cabe destacar el esfuerzo diario realizado por los trabajadores de EMAYA en el día a día, en cumplimiento de los requisitos establecidos en la norma en sus procedimientos de Gestión de Calidad y en las más de 400 instrucciones técnicas de trabajo.