Para conseguir sus objetivos, el departamento cuenta con dos depuradoras, Palma-I y Palma-II, capaces de depurar más de 40 millones de metros cúbicos al año.

- Palma-I fue construida en el año 1971 y, en su momento, fue considerada una de las depuradoras pioneras de España, cuyo objetivo era preservar de la contaminación la zona turística de la Playa de Palma. Tras sufrir varias ampliaciones, en 2005 se ha convertido en una de las depuradoras más modernas del Estado, tanto por lo avanzado de sus procesos como por su grado de automatización.

Su capacidad de tratamiento es de 45.000 m3/día de aguas procedentes de la Playa de Palma, Sant Jordi, S’Aranjassa, Es Pil.larí, el aeropuerto de Son Sant Juan y parte de la ciudad de Palma.

Su línea de fangos trata los fangos producidos en Palma-I y también los de Palma-II.

- Palma-II empezó su andadura en el año 1.975, con una capacidad de tratamiento de 48.000 m³/día, y después de la gran ampliación de 1.987 se transformó en la depuradora de la ciudad de Palma. Esta ampliación supuso aumentar su capacidad de depuración a 90.000 m³/día y cumplir con el Plan de Saneamiento Integral de la Bahía de Palma, por lo que respectaba al municipio de Palma de Mallorca, lo que permitió suspender definitivamente los vertidos de aguas crudas (sin depurar) a la bahía.

Las exigencias legales, nacionales y autonómicas, como trasposición de las correspondientes directivas europeas, han hecho que en 2.006 se procediera a su remodelación y automatización para estar a la altura de la depuradora Palma-1. En la actualidad esta depuradora trata 50.000-60.000 m3/día.